Esper dari Kota Akademi dikelompokkan menjadi enam tingkat, di mana “Level 0& tidak memiliki kekuatan sementara &Level 5 & memiliki jumlah yang sangat besar. Dari beberapa juta orang yang tinggal di Academy City, hanya tujuh di antaranya telah mencapai Level 5, dan peringkat tertinggi di antaranya adalah yang dikenal sebagai Accelerator.Toaru Kagaku no Accelerator berfokus pada Esper Level 5 terkuat setelah dia melindungi Order Terakhir yang ceria dengan harga sebagian besar kekuatannya. Pulang di rumah sakit, Accelerator telah menjalani kehidupan yang relatif damai sampai akhirnya dia menyelamatkan nyawa Estelle Rosenthal, seorang gadis misterius yang membawa foto Pesanan Terakhir. Sayangnya, Accelerator sekarang mendapati dirinya terseret ke dalam konflik baru dalam bentuk organisasi jahat yang disebut Disipliner yang merencanakan untuk menggunakan Order Terakhir untuk misi berbahaya. Kini setelah mereka mengatur rencananya dan mengejar gadis muda itu, sekarang terserah esper yang paling kuat di dunia dan pendampingnya yang baru ditemukan untuk melindungi Pesanan Terakhir dan membela Academy City dalam prosesnya.
